Il toponimo di Agna ha origini romane e deriva dalla Via Annia, poichè nel luogo in cui ora sorge la cittadina della Bassa Padovana doveva esserci al tempo una stazione per i pellegrini.
In epoca longobarda, è attestata una presenza monastica rilevante.
La pieve intitolata a San Giovanni è menzionata nelle decime papali dal 1297 ed alle sue dipendenze vi erano le chiese delle vicine Borgoforte e San Siro.
La pieve, in origine a facciata unica, venne sostituita per l'esigenza di maggiore spazio dalla nuova chiesa di San Giovanni Battista nel 1770.
La chiesa di San Giovanni Battista conserva al suo interno due sculture settecentesche in marmo bianco.
Le due statue, San Pietro che tiene in mano la chiave del Paradiso e San Paolo con la spada del suo martirio, sono collocate ai lati dell'altare maggiore e sono attribuite ad Antonio Bonazza, scultore che ritroviamo spesso nei luoghi sacri e nelle dimore storiche del territorio tra Colli Euganei e Bassa Padovana.
Di fine Ottocento è il dipinto di scuola veneta custodito all'interno dell'Oratorio.
Nel 1928, in occasione dell'inaugurazione del nuovo coro, l'artista veronese Carlo Donati realizò gli affreschi che decorano la parete del catino absidale.
La facciata della chiesa di San Giovanni Battista è stata ristrutturata assieme al tetto nel 2008.
